המאבק ארוך השנים שהגיע לפתחו של שר הפנים יכריע בסוגיה שמתנהלת בין שתי הערים. מתחילת שנות ה־50 ועד היום קיים קשר ארוך שנים בין האוניברסיטה לרמת גן. רמת גן היא חלק מהמוניטין של האוניברסיטה והאוניברסיטה היא חלק מהמוניטין של העיר. באוניברסיטה לומדים למעלה מ־22,000 סטודנטים מן הארץ ומחו"ל, לתארים שונים ובתוכניות לימודים שונות.
עוד בשנות ה־80 קבעה ועדת קיפניס: "ראוי שהאוניברסיטה תהא תחת רשות מוניציפלית אחת, ורצוי שתהא זו רשות בינונית או גדולה". גם נעמי אנג'ל, מתכננת מחוז תל אביב הסבירה כי: "האוניברסיטה חשובה מדי מכדי להיות כלי משחק בין שתי ערים, ויש לנהוג באחריות רבה ולא לבצע שינויים אשר עלולים לערער את יציבותה של האוניברסיטה".
בבר אילן הוסיפו כי ככל שהדבר נדרש אין מניעה מהגעה להסדרים כספיים בחלוקת הארנונה בין שתי הרשויות המקומיות, ללא שינוי גבולות שיפוט כפי שנתמך גם בחוות דעת מומחים. "מיסוי המוטל על מוסד להשכלה גבוהה משפיע על איתנותו של המוסד וביטחונו הכלכלי", הסבירו וסיכמו "כיום לא קיימת שום הצדקה לשינוי הגבולות המוניציפליים על ידי העברת אוניברסיטת בר אילן מרמת גן לגבעת שמואל".
בהצהרה רשמית שמסרה לתקשורת אמרה הנהלת האוניברסיטה: "התפתחות האוניברסיטה תיעצר לשנים רבות אם תהווה כלי משחק בידי אינטרסים לא רלוונטיים. בר אילן היא משאב לאומי עם אתגרים כלכליים לא פשוטים העומדים בפניה ובפני מוסדות אקדמיים רבים. ככל אוניברסיטה בארץ גם בר אילן שייכת לעיר גדולה ומשמעותית שיש לה ידע במתן מענה לגופים בעלי חשיבות לאומית, ואינה יכולה להשתייך לעיר קטנה. כל שינוי במעמד המוניציפלי שלה יפגע במעמד האוניברסיטה, ביכולתה לגייס תורמים ויגרור אחריו עלויות כספיות ניכרות שאין בידי האוניברסיטה לממן. אנו מבקשים שככל שיש צורך בצדק חלוקתי בארנונה, הנושא ייפתר ברמת הרשויות ולא יכלול הזזה של גוף לאומי כמו אוניברסיטה שהשתייכותה לעיר גדולה אקוטית להמשך ההתפתחות שלה".
ראש עיריית רמת גן, כרמל שאמה הכהן מסר: "אוניברסיטת בר אילן קשורה למעלה מ־50 שנים עם העיר רמת גן. האוניברסיטה היא מוסד לאומי ואין לאפשר הפיכתו לקורבן פוליטי. האוניברסיטה עצמה רוצה להישאר תחת חסות העיר רמת גן, והאוניברסיטה יודעת טוב מכולם מה נכון לה. למען המשך הצלחת האוניברסיטה, שגשוגה וקידום ההשכלה הגבוהה בישראל – אסור לאפשר את עקירתה מהעיר רמת גן ואנו נילחם על כך בכל עוצמתנו".